PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN MÃ HÓA GLYCOPROTEIN CỦA AVIAN METAPNEUMOVIRUS PHÁT HIỆN ĐƯỢC Ở MỘT SỐ CƠ SỞ CHĂN NUÔI GÀ TẠI MIỀN BẮC

Giới thiệu: Avian Metapneumovirus là thành viên của giống Metapneumovirus. Virus có thể nhiễm cho gia cầm (gà tây, gà, vịt, ngan) và dã cầm. Gà tây và gà là hai loài vật nuôi mẫn cảm nhất, với biểu hiện bệnh chủ yếu ở hệ hô hấp và có thể ảnh hưởng tới năng suất sinh sản. Gần đây, tại miền Bắc Việt Nam, aMPV đã được phát hiện ở gà có triệu chứng hô hấp. Do mới được quan tâm nghiên cứu, nên thông tin về aMPV cũng như bệnh do virus gây ra ở nước ta còn hạn chế.

Mục đích nghiên cứu: tìm hiểu đặc điểm di truyền của các chủng aMPV phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi, cụ thể ở hai khía cạnh: (i) xác định phân nhóm (subgroup) aMPV, (ii) biến đổi ở cấp độ nucleotide của gen mã hóa protein G.

Phương pháp nghiên cứu: aMPV được phát hiện bằng phản ứng RT-PCR, dùng mồi Ga/Gy theo nghiên cứu trước đây (Bayon-Auboyer và cs., 1999). Giải trình tự sản phẩn PCR theo phương pháp Sanger’s, thực hiện bởi Công ty 1^st BASE (Malaysia). Căn chỉnh trình tự gen mã hóa protein G và dịch mã bằng phần mềm BioEdit v7.1.3.0. Xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng gói phần mềm BEAST phiên bản v1.10.4.

Kết quả: Cây phát sinh chủng loại cho thấy aMPV được chia thành 4 nhánh chính tương ứng với 4 subgroup; trong đó 5 chủng aMPV của miền Bắc thuộc subgroup B. Kết quả phân tích sâu hơn cho thấy 5/5 chủng aMPV phát hiện trong nghiên cứu này thuộc nhánh virus tiến hóa từ chủng virus vacxin. So sánh trình tự một phần gen mã hóa protein G (300 nucleotide) giữa nhóm virus tiến hóa từ chủng virus vacxin với chủng virus vacxin Nemovac cho thấy mức tương đồng rất cao từ 98,3% đến 99,6%. Mặc dù vậy, các chủng virus thuộc nhánh này có 14 đột biến điểm, với 3 biến đổi là thay thế khác gốc (transversion) từ T-A, A-C, A-T. Trong 14 vị trí đột biến nói trên, 6 vị trí (nucleotide thứ 91, 201, 254, 333, 356 và 366) có nhiều biến đổi (parsimony- informative site). Kết quả phân tích biến đổi ở cấp độ nucleotide cho thấy gen G của nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin (gồm 5 chủng ở miền Bắc) có đặc điểm di truyền khác với chủng virus vacxin.

Kết luận: Đã xác định được sự hiện diện của aMPV subgroup B ở đàn gà nuôi tại miền Bắc. Mặc dù thuộc nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng 5/5 chủng aMPV đã tiến hóa khác so với chủng virus nhược độc vacxin Nemovac. Từ hạn chế của kết quả trình bày ở trên (chưa phát hiện được chủng aMPV nhánh virus thực địa) nên cần mở rộng phạm vi lấy mẫu, quy mô xét nghiệm cũng như sử dụng phương pháp có độ nhạy cao để tăng khả năng phát hiện aMPV. Từ đó cung cấp nguyên liệu cho giải mã và phân tích làm rõ kiểu gen aMPV lưu hành ở miền Bắc.

Từ khóa: avian Metapneumovirus, trình tự gen G, đặc điểm sinh học phân tử

Đường link bài báo: http://tapchi.vnua.edu.vn/wp-content/uploads/2021/05/tap-chi-so-5.2021-final.3.pdf

Nguyễn Văn Giáp và cộng sự

Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam