Nghiên cứu một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên năm 2017

Giới thiệu: Dịch tiêu chảy cấp tính ở lợn (Porcine Epidemic Diarrhea – PED) là một bệnh truyền nhiễm của loài lợn, do một loại virus thuộc họ Coronaviridae gây ra. Dựa vào trình tự gen, mặc dù chỉ có 1 serotyp duy nhất, PEDV được chia làm 2 genogroup: nhóm G1 cổ điển (G1, classical) và nhóm mới nổi G2 (field epidemic/pandemic) (Lee, 2015). Tại Việt Nam rất cần có các nghiên cứu chứng minh sự lưu hành của nhóm virus mới nổi này; vì vậy, việc phân lập virus, làm rõ đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV thực địa là cần thiết.

Mục đích:  Nghiên cứu nhằm xác định một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (ký hiệu PEDV_HY2017) phân lập được từ mẫu bệnh phẩm thu thập tại Hưng Yên năm 2017. Kết quả này góp phần cung cấp, hoàn thiện thông tin về đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV phân lập; qua đó làm cơ sở cho việc phát triển vacxin phòng bệnh PED phù hợp với các chủng gây bệnh tại miền Bắc.

Phương pháp nghiên cứu: Để làm rõ một số đặc điểm sinh học phân tử của chủng PEDV_HY2017 cũng như hiện tượng đột biến thêm-xóa. Chúng tôi tiến hành lựa chọn bộ mồi phù hợp, trình tự mồi được so sánh với 454 chủng (gồm 4 chủng của Việt Nam) có tự bộ gen hoàn chỉnh ở ngân hàng gen. Giống virus PED được nuôi cấy trên môi trường tế bào vero, sau đó huyễn dịch nuôi cấy được chiết tách RNA virus và tiến hành phản ứng RT-PCR. Sản phẩm PCR dương tính được tinh sạch và giải trình tự gen S với bộ mồi được lựa chọn.

Kết quả: Do kích thước lớn của gen S (khoảng hơn 4000 bp), nghiên cứu đã tập trung giải mã 2 trong 4 vùng gen mã hóa receptor bám vào thụ thể trên bề mặt tế bào vật chủ (S1⁰ và S1^A) thuộc tiểu phần protein S1. Các vùng receptor này được chứng minh là đích tấn công của kháng thể trung hòa (Li và cs., 2017). Kết quả giải trình tự gen sử dụng các cặp mồi phù hợp nhất cho thấy chủng PEDV_HY2017 có 2 mức tương đồng nucleotide so với 56 chủng PEDV của Việt Nam: tương đồng 90%- 91% và từ 95,7%- 98,2%. Cây phát sinh chủng loại dựa vào một phần gen S cho biết các chủng PEDV trên thế giới và ở Việt Nam bao gồm 2 genogroup là G1 và G2. Trong 56 chủng PEDV ở Việt Nam được phân tích, có 8 chủng thuộc về genogroup G1 và 48 chủng (bao gồm chủng phân lập PEDV_HY2017) thuộc về genogroup G2 (hình 1).

Kết luận:  Chủng phân lập PEDV_HY2017 thuộc genogroup G2 của PEDV và có mức tương đồng với các chủng PEDV của Việt Nam là 90%- 91% (genogroup G1) 95,7%- 98,2% (genogroup G2).

                                                                                                              Hình 1. Cây phát sinh chủng loại của PEDV dựa vào một phần gen S

Các nhánh dẫn tới chủng PEDV ở Việt Nam được đánh dấu màu xanh, chủng PEDV_HY2017 được đánh dấu màu đỏ. Giá trị boot-strap ở mỗi nút (node) được hiểu thị cho 2 nhánh chính.

Tài liệu Tham khảo:

Li, C., W. Li, E. Lucio de Esesarte, H. Guo, P. van den Elzen, E. Aarts, E. van den Born, P. J. M. Rottier và B. J. Bosch (2017). Cell attachment domains of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein are key targets of neutralizing antibodies. J Virol, 91:  e00273-00217.

Lee, C. (2015). Porcine epidemic diarrhea virus: An emerging and re-emerging epizootic swine virus. Virol J, 12:  193.

                                                                                                                                                                                                                                                       Bộ môn VSVTN, Khoa Thú y, Học viện NNVN