- Giới thiệu
Trước năm 2012, hai loại Circovirus đã được phát hiện trên lợn và được đặt tên là porcine circovirus type 1 (PCV-1) và porcine circovirus type 2 (PCV-2); Những virus này được biết tới như loại Circovirus duy nhất xuất hiện ở động vật có vú. Hai virus này có mối liên hệ chặt chẽ với nhau, tuy nhiên PCV-1 nói chung được cho là không gây bệnh (Alan và cộng sự, 1995) trong khi PCV-2 đã được chứng minh liên quan đến một loạt các điều kiện bệnh lý xảy ra ở lợn (Kim và cộng sự, 2003; Johnstone và Lawton, 2008). Vào năm 2012, Circovirus trên chó – canine circovirus (CanineCV) lần đầu tiên được phát hiện trong các mẫu huyết thanh thu thập được từ những con chó khoẻ mạnh ở Mỹ (Kapoor và cộng sự).
Hình 1-1 Sơ đồ tổ chức bộ gen của canine circovirus
2- Phương pháp nghiên cứu
Khuếch đại PCR và giải trình tự bộ gen của CanineCV
Một tập hợp các đoạn mồi (Bảng 1) được thiết kế từ sự so sánh các trình tự CanineCV có sẵn từ cơ sở dữ liệu, được sử dụng để phát hiện và khuếch đại bộ gen hoàn chỉnh.
Bảng 1 Bộ mồi để phát hiện và giải trình tự gen của virut circovirus ở chó (CanineCV) được sử dụng trong nghiên cứu này
| Primers | Sequence (5’-3’) | Vị trí Nucleotide | Tham khảo |
| CanineCV-605F | AATGGTGGGAYGGYTACGATGG | 605-626 | Piewbang và cộng sự, 2018 |
| CanineCV-1041F | AAGGGGGGTGAACAGGTAAAC | 1041-1021 | Piewbang và cộng sự, 2018 |
| CanineCV-1022F | TTTACCTGTTCACCCCCCTTCGA | 1022-1044 | Piewbang và cộng sự, 2018 |
| CanineCV-1538F | GGAAGAGGYAATGCTACAAGATCA | 1538-1515 | Piewbang và cộng sự, 2018 |
| CanineCV-1448F | TGAAYGGAGGCCTTRTTDGGATC | 1448-1469 | Nghiên cứu này |
| CanineCV-110R | TCCGGCGCRAGGTTCTTCA | 120-110 | Nghiên cứu này |
| CanineCV-2014F | GTATTACCCGGCACCTCGTC | 2014-2033 | Nghiên cứu này |
| CanineCV-776R | CATCAYTATACCAYTCATGAGGC | 798-776 | Nghiên cứu này |
Phân tích tái tổ hợp
Phân tích tái tổ hợp được áp dụng cho tất cả các chủng CanineCV-VN bằng phần mềm RDP4 bao gồm RDP, GENECONV, Bootscan, Maxchi, Chimaera, SiScan, 3Seg và LARD.
3-Kết quả
Tái tổ hợp tiềm năng được tìm thấy trong kiểu gen CanineCV-VN-4 (CanineCV-VN-3, 4, 5, 8) ít nhất 4 thuật toán cùng chỉ ra cùng kết quả của sự tái tổ hợp này. Bốn chủng này được phân tích thêm bằng biểu đồ tương tự trên gói phần mềm Simplot. Kết quả cho thấy tín hiệu tái tổ hợp tiềm năng đã được xác nhận ở CanineCV-VN-6 ở vị trí nucleotide 420-1020 trong đó có CanineCV KC241983 của Mỹ và CanineCV MG279125 của Trung Quốc lần lượt là bố mẹ chính và phụ của nó (Hình 1-2). Sự kiện tái tổ hợp đã được xác định trong gen Rep của CanineCV và các vị trí khác của gen (Piewbang và cộng sự, 2018b; Sun và cộng sự, 2019). Trong nghiên cứu này, sự tái tổ hợp xảy ra ở chủng CanineCV-VN-6 ở vị trí nucleotide 420-1020 với trình tự chính có nguồn gốc từ chủng Châu Mỹ (KC241983; CanineCV-4) và trình tự gen có nguồn gốc từ chủng Trung Quốc (MG279125; CanineCV-2).
- TS. Nguyễn Mạnh Tường
BM: Nội Chẩn Dược Độc chất, Khoa Thú y, VNUA
English