Giới thiệu: Canine parvovirus type 2 (CPV-2) là một vi rút nhỏ chứa sợi đơn DNA . CPV-2 gây bệnh viêm ruột hoại tử ở chó với tỷ lệ tử vong cao. Hiện nay, CPV-2 được chia thành 3 chủng CPV-2a, CPV-2b và CPV-2c dựa trên sự khác biệt về gene di truyền mã hóa protein VP2. Trong đó biến thể CPV-2c lưu hành trên toàn thế giới và thu hút được sự chú ý do nghi ngại chủng này gây ra bệnh trầm trọng hơn hai chủng còn lại.
Mục đích: Nghiên cứu nhằm xác định đặc điểm di truyền của vi rút CPV-2 lưu hành tại Việt Nam. Đồng thời xác định tốc độ đột biến của vi rút CPV-2 trong vòng 42 năm qua và đánh giá vai trò biến dị tổ hợp cũng tác động của chọn lọc tư nhiên đến sự tiên hóa của vi rút.
Phương pháp nghiên cứu: Mẫu phân từ chó mắc bệnh viên ruột tiêu chảy được chẩn đoán bằng phương pháp PCR để xác định vi rút CPV-2. Năm mươi chín mẫu dương tính đươc giải trình tự một đoạn gen chứa axit amin tại vị trí 426 trên của protein VP2 để phân loại vi rút. Tám mẫu được lựa chọn để giải trình tự gen hoàn chỉnh và kết hợp với 199 trên ngân hàng gen dùng để phân tích tốc độ đột biện, biến dị tổ hợp và chọn lọc tự nhiên.
Kết quả: từ 59 mẫu giải trình tự gen cho thấy vi rút CPV-2 lưu hành tại Việt Nam chủ yếu là CPV-2c. Tám mẫu giải trình tự gen đầy đủ chỉ ra vi rút CPV-2 ở Việt Nam có chung một kiểu tiến hóa với chủng CPV-2 ở châu Á, bằng sự xuất hiện những amino acid đặc trưng trên các protein cấu trúc và phi cấu trúc. Ngoài ra, các chủng CPV-2c Việt Nam biểu hiện các đột biến mới như Thr112Ile tại protein VP1 và Ile447Met tại protein VP2. Đáng lưu ý rằng phân tích phát sinh loài cho thấy sự đột biến của số acid amin trong cả gen cấu trúc và không cấu trúc đã góp phần làm xuất hiện một sub-type mới, được gọi là Asia-IV. Tỷ lệ thay thế, ước tính cho 199 sequences phân lập trong 42 năm, xác nhận rằng CPV-2 có đốc độ đột biến cao vào khoảng 2,49 × 10-4 lần trên mỗi vị trí mỗi năm (nt/s/y). Trong đó ước tính riêng cho gene VP1/2 và NS1/2 lần lượt là 3,06 × 10-4 và 3,16 × 10-4 nt/s/y. Mặc dù không có bằng chứng về những biến dị tái tổ ở các chủng CPV-2c Việt Nam nhưng chọn lọc tự đã được quan sát thấy ở một số vị trí trên cả gen cấu trúc và gen không cấu trúc.
Kết luận: Nghiên miêu tả đặc điểm di truyền của vi rút CPV-2 ở Việt Nam, bổ sung thêm trình tự gen đầy đủ vào ngân hàng gen với những đột biến mới. Đồng thời xác định rằng CPV-2 là vi rút có tốc độ đột biến cao.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/tbed.13811
Hình 1. Cây phát sinh chủng loại của CPV-2 dựa vào trình tự gen hoàn chỉnh
Các strain trong nghiên cứu này được đánh dâu (*), vi rút CPV-2c đánh dấu bằng màu đỏ, chủng CPV-2a, 2b châu Á đánh dấu bằng màu xanh, chủng CPV-2a,b châu Âu và Mỹ La Tinh đánh dấu bằng mầu tím.
Nguyễn Mạnh Tường
Bộ môn Nội-Chẩn-Dược-Độc-Chất, Khoa Thú y, Học viện NNVN
English