Giới thiệu: Nhóm virus gây ức chế miễn dịch, trong đó có virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm (chicken infectious anemia virus, CIAV), là một trong những nhóm gây ảnh hưởng lớn về kinh tế cho ngành chăn nuôi gà trên toàn thế giới (Balamurugan & Kataria, 2006). CIAV thuộc giống Gyrovirus, họ Anelloviridae (Rosario & cs., 2017). Vật chất di truyền của CIAV là sợi ADN đơn, dạng vòng, dài khoảng 2,3 kb. Bộ gen CIAV có 3 khung đọc mở (ORF) lồng một phần vào nhau, theo thứ tự ORF2- ORF3- ORF1. Bộ gen của virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm bao gồm vùng mã hóa và vùng không mã hóa protein
Mục đích nghiên cứu: Do chưa có công bố nào giải mã bộ gen của CIAV lưu hành ở Việt Nam, nghiên cứu này đã giải mã và phân tích đặc điểm gen của chủng virus thuộc genogroup II và III phát hiện ở miền Bắc.
Phương pháp nghiên cứu: Bộ gen hoàn chỉnh của 3 chủng CIAV trong nghiên cứu này được chú giải cấu trúc gen dựa vào thông tin đã biết trước của chủng CIAV tham chiếu (Cux-1, mã số M81223), sử dụng phần mềm GATU. Biểu diễn trình tự nucleotide bằng chương trình BioEdit v7.1.3.0. Sự biến động mức tương đồng dọc theo chiều dài bộ gen của CIAV được thực hiện bằng phân phần mềm SimPlot (Lole & cs., 1999) với các tham số mặc định. Trình tự bộ gen của các chủng CIAV được căn chỉnh (alignment) bằng phần mềm MAFFT với tham số mặc định. Gốc của cây phát sinh chủng loại được suy diễn bằng phương pháp midpoint, tích hợp trong chương trình FigTree v1.4.4.
Kết quả: Kết quả phân tích cho biết 3 chủng virus mang đầy đủ cấu trúc bộ gen điển hình của CIAV, bao gồm đầu 5’ không mã hóa protein, theo sau bởi 3 gen mã hóa protein cùng chiều, lồng nhau, theo thứ tự ORF2- ORF3- ORF1. Ba chủng này có đặc điểm biến đổi nucleotide giống với các chủng CIAV trên thế giới, trong đó vùng gen mã hóa protein VP1 có nhiều biến đổi nhất so với 2 gen còn lại. Trình tự amino acid đặc trưng genogroup là 75V97M139K144E hoặc 75I97L139Q144Q đã được phát hiện ở 3 chủng virus thực địa. Đáng chú ý, không có chủng CIAV nào mang biến đổi 75I- 89T- 125L- 141L- 144E của virus có độc lực thấp.
Ghi chú: mũi tên chỉ vị trí 3 chủng CIAV ở miền Bắc được giải mã bộ gen. Để dễ quan sát, giá trị bootstrap chỉ được hiển thị cho nhánh chính của cây phát sinh chủng loại.
Hình 1. Cây phát sinh chủng loại dựa vào trình tự nucleotide bộ gen
Kết luận: Các chủng virus CIAV phân lập ở miền Bắc, được mô tả trong nghiên cứu này mang đầy đủ cấu trúc bộ gen điển hình của CIAV và có đặc điểm biến đổi nucleotide giống với các chủng CIAV trên thế giới.
Từ khóa: virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm, giải mã bộ gen, đặc điểm di truyền, miền Bắc
Nguyễn Văn Giáp, Huỳnh Thị Mỹ Lệ
Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Địa chỉ liên hệ: huynhtmle@vnua.edu.vn
English